武汉分子生物学定量PCR研究方案

内标在传统定量中的作用，由于传统定量方法都是终点检测，即PCR到达平台期后进行检测，而PCR经过对数期扩增到达平台期时，检测重现性极差。同一个模板在96孔PCR仪上做96次重复实验，所得结果有很大差异，因此无法直接从终点产物量推算出起始模板量。加入内标后，可部分消除终产物定量所造成的不准确性。但即使如此，传统的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。内标对定量PCR的影响，若在待测样品中加入已知起始拷贝数的内标，则PCR反应变为双重PCR，双重PCR反应中存在两种模板之间的干扰和竞争，尤其当两种模板的起始拷贝数相差比较大时，这种竞争会表现得更为明显。但由于待测样品的起始拷贝数是未知的，所以无法加入合适数量的已知模板作为内标。也正是这个原因，传统定量方法虽然加入内标，但仍然只是一种半定量的方法。聚合酶链式反应的模板的取材主要依据PCR的扩增对象。武汉分子生物学定量PCR研究方案

Real-time PCR原理：所谓实时荧光定量PCR技术，是指在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程，通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。DNA结合染料法，应用一种带有荧光的、非特异的DNA结合染料检测PCR过程中积累的扩增产物。检测所有双链DNA扩增产物，包括非特异反应产物，如引物二聚体。可对任何双链DNA进行定量；不需要探针，因此减少了实验设计及运转成本；适合于大量基因的分析；简单易用。实时荧光定量PCR：实时荧光定量PCR（QuantitativeReal-time PCR）是一种在DNA扩增反应中，以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应（PCR）循环后产物总量的方法。通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析的方法。Real-time PCR是在PCR扩增过程中，通过荧光信号，对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期，模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系，所以成为定量的依据。杭州组织数字PCR供应商聚合酶链式反应又称多聚酶链式反应。

Real-time PCR-传统定量PCR：1）内参照法：在不同的PCR反应管中加入已定量的内标和引物，内标用基因工程方法合成。上游引物用荧光标记，下游引物不标记。在模板扩增的同时，内标也被扩增。在PCR产物中，由于内标与靶模板的长度不同，二者的扩增产物可用电泳或高效液相分离开来，分别测定其荧光强度，以内标为对照定量待检测模板。2）竞争法：选择由突变克隆产生的含有一个新内切位点的外源竞争性模板。在同一反应管中，待测样品与竞争模板用同一对引物同时扩增（其中一个引物为荧光标记）。

Real-time PCR：基线（baseline)：通常是3－15个循环的荧光信号，同一次反应中针对不同的基因需单独设置基线。阈值（threshold)：自动设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。手动设置：置于指数扩增期，刚好可以清楚地看到荧光信号明显增强。同一次反应中针对不同的基因可单独设置阈值，但对于同一个基因扩增一定要用同一个阈值。Ct值：与起始浓度的对数成线性关系，分析定量时候一般取Ct:15-35.太大或者太小都会导致定量的不准确。相对定量：通过与内参基因Ct值之间的相差来计算基因之间的表达差异,一般是2-△△Ct。或者是考虑扩增效率的Pfaffl法。Real-time PCR探针法实验结果稳定重複性好，特异性更高。

引物的设计对于这个实验至关重要，因为Real-time PCR的检测灵敏度比较高，所以相应的对引物设计的要求就很高。普通的要求规则大家都知道，还有几点必须注意：1，引物的错配率（引物错配形成引物二聚体，但是SYBR照样能嵌入进去，结果导致实验结果的误差很大，重复性也不好）。2，引物的特异性一定要高（不像常规PCR，引物同源性不高，只要两条产物的片段长度相差足够大，在电泳的时候能够区分开就可以。Real-time PCR只有在熔解曲线的时候能分开，所以这就造成整个实验结果误差很大，不可信）。Real-time PCR可看作是生物体外的特殊DNA复制。武汉分子生物学定量PCR研究方案

实时荧光定量PCR是一种在DNA扩增反应中，以荧光化学物质测聚合酶链式反应循环后产物总量的方法。武汉分子生物学定量PCR研究方案

Real-time PCR从用途上分可以分为定性分析和定量分析：定性分析指的是用于分析待检测的样本中是否存在我们想要检测的成分，即待检测成分有无的分析。通常，定性分析可以应用于病毒以及病原菌的检测，物种鉴定以及基因分型等。病毒及病原菌检测，如SARS、H1N1病毒，都可以通过Real-time PCR的方法进行高灵敏度的检测，定性分析样本是否已被病毒传播。物种鉴定如我们国家的一些检验检疫机构，想要检测进口的牛肉制品中是否含有鸡源、猪源或鸭源等成分，或者用于检测羊奶中是否会掺有牛奶等等，可以通过Real-time PCR的方法进行检测。基因分型，如啤酒型，肥胖型基因的检测，就是Real-time PCR在基因分型方面的应用。武汉分子生物学定量PCR研究方案

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