通常情况下，除了研究自噬现象本身，大家更多的是将自噬与各种生命活动或者疾病结合起来，把自噬作为这些方向的一个机制来研究。通常的研究模式：1）证明自噬参与了相关研究表型（电镜、LC3II/I-WB、LC3亚细胞定位、LC3荧光示踪监测自噬流等）2）证明自噬在表型中起到关键作用（通过自噬抑制剂、激动剂进行关联研究）3）找到表型与自噬桥梁分子（检测pI3K通路、Beclin-1、ATG家族各成员）4）在基因层面通过gainof/lostoffunction研究桥梁分子在自噬中的作用。自噬在肝病的发生的发展中发挥重要作用，但其影响呈双面性。湖南western blot检测自噬流
微自噬（Microautophagy）是溶酶体（在酵母和植物中为液泡）直接向内弯曲折叠，包裹胞内物质并降解的过程。大多数微自噬过程都是非选择性的。饥饿、缺乏氮源或雷帕霉素处理可以诱发细胞出现微自噬。微自噬在运输胞内物质、维持胞内稳态以及增强细胞对饥饿的耐受能力方面有许多功能。例如，由脂质降解引发的微自噬可以调节溶酶体膜的脂质构成，微自噬也可以起到将糖原运输到溶酶体中的作用。除了巨自噬和微自噬，分子伴侣介导的自噬（Chaperone-mediatedAutophagy）是细胞降解和回收蛋白质的另一种方式。在这一过程中，特定蛋白（如错误折叠的蛋白）首先被分子伴侣（如hsc70）识别和标记，然后一起被溶酶体表面的受体蛋白（如LAMP-2A）识别，继而直接转运至溶酶体内部并被消化。分子伴侣介导的自噬发生在许多组织中，其主要功能包括长期饥饿时为细胞供能，调节代谢通路，清理无用蛋白质，帮助T细胞活化等。湖南western blot检测自噬流通过调节自噬活性, zhiliao神经退行性疾病、中流、心衰以及组织纤维化是可行的途径。
自噬是一个吞噬自身细胞质蛋白或细胞器并使其包被进入囊泡，并与溶酶体融合形成自噬溶酶体，降解其所包裹的内容物的过程，借此实现细胞本身的代谢需要和某些细胞器的更新。自噬在机体的生理和病理过程中都能见到，其所起的作用是正面还是负面的尚未完全阐明，对病变的研究尤其如此，值得关注。自噬（autophagy）是由Ashford和Porter在1962年发现细胞内有“自己吃自己”的现象后提出的，是指从粗面内质网的无核糖体附着区脱落的双层膜包裹部分胞质和细胞内需降解的细胞器、蛋白质等成分形成自噬体（autophagosome），并与溶酶体融合形成自噬溶酶体，降解其所包裹的内容物，以实现细胞本身的代谢需要和某些细胞器的更新。
自噬在HBV相关HCC发生的发展中起重要作用，且与HBx关系密切，一项关于携带HBx表达基因的腺病毒载体疫苗的研究表明，该疫苗可使肝病细胞表达HBx，并通过自噬途径诱发增强CD4+T淋巴细胞和CD8+T淋巴细胞的抗瘤免疫效应。有研究表明，肝病的特异性抗原AFP在肝病细胞中抑制细胞自噬和细胞凋亡，进而促进瘤增殖转移，其机制可能是通过PI3K/Akt/mTOR途径。疫苗是预防肝病发生比较经济有效的方式，疫苗都与自噬关系密切，故明确自噬在其中的具体机制可能有益于新疫苗的研发，可能为肝病预防提供潜在的靶点。姜黄素可诱导HUVECs细胞自噬保护内皮细胞的氧化应激损伤。
目前使用较多的自噬流检测方法是通过Western blot 检测 microtubule-associated protein 1A/1B-light chain 3B (LC3B) 蛋白表达水平，但是如果没有自噬工具药作为对照，则观察到的 LC3B 改变无法真实反映细胞内自噬流状态。例如 LC3B-II 增加既可能是自噬活化后自噬小体增多而成，也可能是自噬溶酶体qingchu失败所致。自噬流的检测方法较为复杂，单独使用现有的某一种技术方法往往不能达到系统性检测自噬流，因此需要选择多种不同实验方法，综合评价其检测结果才能较为客观地反映细胞自噬流状态。L-NAME抑制NO产生能活化自噬, 促进突变Htt 降解并减轻聚集突变蛋白的毒性作用。湖南western blot检测自噬流
在自噬的情况下，荧光显微镜下RFP-GFP-LC3B则聚集在自噬体膜上，以黄色斑点的形式表现出来。湖南western blot检测自噬流
自噬参与调节多种心血管疾病, 包括心肌病、缺血性心脏疾病、心衰以及心肌的缺血再灌注损伤等。自噬在心肌病中可能发挥了有益的保护作用。结蛋白是心脏主要的中间丝蛋白, 结蛋白基因外显子8上的错义突变 (Ile451Met) 会导致原发性扩张型心肌病。在结蛋白相关小鼠心肌病模型中的研究发现, 自噬活化能增强心肌细胞对毒性环境的适应能力, 包括降低间质纤维化、改善心室功能、降低心脏肥厚、减少细胞中蛋白堆积等, 从而提高小鼠生存率。研究小组的工作也证明, 阻断Toll样受体4导致自噬抑制, 加剧阿霉素诱导的心肌病发生、发展。湖南western blot检测自噬流
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