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吉林提供迈杰转化医学NGS平台创新服务

来源: 发布时间:2022年05月31日

    且是随机错误,而不是聚集在读取的两端;③数据可实时读取;④通量很高(30x人类基因组有望在***内完成);⑤起始DNA在测序过程中不被破坏;⑥样品制备简单又便宜;⑦可直接测序RNA。2、PacBioSMRT纳米孔+荧光可逆终止dNTP技术原理:PacBioSMRT技术其实是应用了边合成边测序的思想(使用4色荧光标记4种碱基),其超长读长的关键在于使用了活性持久且高保真的DNA聚合酶,并以SMRT芯片为测序载体(ZMW原理)。优势劣势:①SMRT技术的测序速度很快,每秒约10个dNTP;②错误率较高,达到15%,出错随机,可通过多次测序来进行有效的纠错(如使用Sparc对30X的数据进行分析,错误率可达到);③原始DNA不被破坏;④读长可达10kbp。3、HelicosHeliscope单分子荧光可逆终止技术原理:该技术基于边合成边测序的思想,将DNA随机打断成小片段分别进行dNTP荧光标记,经过不断地重复合成、洗脱、成像、淬灭过程完成测序。主要步骤:①制备:DNA打断加polyA+Cy3②测序:dNTP荧光可逆终止特点:①读取长度约为30-35bp,每个循环的数据产出量为21-28Gb;在测序完成前,各小片段的测序进度不同;②可根据同聚物的合成会导致荧光信号的减弱这一特点来推测同聚物的长度。MLH1抗体试剂 苏苏械备20180519号.吉林提供迈杰转化医学NGS平台创新服务

    67个y-str基因座分别为:dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4;其中,dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b、dys527a/b分别包含两个分型片段,dyf399s1包含三个分型片段。二、引物组合的制备1、人工设计并合成用于扩增每个基因座的引物(要求扩增长度**好300bp以下),然后进行pcr扩增,获得每个基因座的特异性扩增产物。2、综合单个基因座的扩增条件,选择适宜扩增程序,进行复合扩增。由于复合的基因座数目较多,引物间相互抑制情况复杂,所以需要一一排除,找出这些基因座,重新设计并合成引物。此外,不同基因座的引物之间还会形成引物二聚体。 吉林提供迈杰转化医学NGS平台创新服务MSH2抗体试剂 苏苏械备20180568号.

    本发明涉及生物技术领域,特别涉及二代测序文库构建技术。背景技术:二代测序由于其超高的测序能力在科研和临床中具有极为重要的应用。二代测序技术也称深度测序、大规模平行测序,**思想是边合成边测序(SequencingbySynthesis),即通过捕捉新合成的末端的标记来确定DNA的序列,现有的技术平台主要有Roche/454FLX、Illumina/SolexaGenomeAnalyzer和AppliedBiosystemsSOLIDsystem。这三个技术平台各有优点,454FLX的测序片段比较长,高质量的读长能达到400bp;Solexa测序性价比**高,不*机器的售价比其他两种低,而且运行成本也低,在数据量相同的情况下,成本只有454测序的1/10;SOLID测序的准确度高,原始碱基数据的准确度大于%,而在15×覆盖率时的准确度可以达到%。Illumina/SolexaGenomeAnalyzer测序的基本原理是边合成变测序。在Sanger等测序方法的基础上,通过技术创新,用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP,当DNA聚合酶合成互补链时,每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光,根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理,从而获得待测DNA的序列信息。二代测序的一般流程如下:1)文库制备,将DNA用雾化或超声波随机片段化成几百碱基或更短的小片段。

    降低引物的扩增效率,也需要重新设计并合成引物。3、初次复合扩增时,各个引物在反应体系中的浓度均为μm;之后对引物浓度进行调整,获得进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度。经过上述步骤,获得引物组合。引物组合由120条引物组成,用于检测68个基因座。各个基因座的名称、扩增基因座对应的引物名称和引物的核苷酸序列依次见表1中第1列、第2列和第3列。进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度见表1中第5列。表1各个基因座对应的引物在hg38人类参考基因组(hg38人类基因组的信息见网址./goldenpath/hg38/bigzips/)中的pcr扩增产物的长度和核苷酸序列详见表2。各个str基因座的pcr扩增产物的长度范围分布见图1。表2三、基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒的制备基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒包括引物混合物;引物混合物由步骤二制备的120条引物混合而成。实施例2、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型及其应用一、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型1、dna样本准备取标准品2800m,用超纯水稀释,获得浓度为1ng/μl的标准品2800m水溶液。2、pcr扩增以标准品2800m水溶液为模板,采用实施例1步骤三制备的引物混合物进行pcr扩增,得到pcr扩增产物。迈杰转化医学有多年的药企服务经验,紧跟药物研发趋势,熟悉新药研发动向。

    套峰细分的话有如下几种情形:全双峰:如样品为克隆后质粒,则质粒中含有多个引物结合位点;如样品为PCR产物,则含有非特异性扩增。前端双峰:如样品为克隆后质粒,则其含有多个引物结合位点,并且其中一套模板出现测序中断的现象;如样品为PCR产物,则PCR产物中含有多个引物结合位点,或者PCR产物中含有引物二聚体等小片段污染。中间双峰:如样品为克隆后质粒,则质粒并非单克隆;如样品为PCR产物,则部分产物中具有碱基缺失现象,或目的基因为等位基因导致PCR产物自身不纯。后端双峰:如样品为克隆后质粒,则质粒并非单克隆;如样品为PCR产物,则部分产物中具有碱基缺失现象。解决办法:针对二聚体及小片段干扰的情况,可以使用切胶回收的方法纯化PCR产物;针对含有多个引物结合位点的情况,应当更换测序引物;针对PCR产物出现碱基缺失的情况,可以使用克隆后测序以排除碱基缺失的产物;针对非单克隆的情况,应在确认克隆无误的前提下重新挑取单克隆进行测序;针对PCR产物含有非特异性扩增的情况,应优化PCR反应条件去除非特异性扩增,重新制备样品测序;针对等位基因具有双模板的情况,应当采用克隆测序以保证单次测序样品序列一致。 方法简单易行,医保覆盖,适于临床推广。吉林提供迈杰转化医学NGS平台创新服务

迈杰多平台的研究优势以及多组学数据的挖掘能力,促进产学研医结合,加速项目成果转化,创新科技产品研发。吉林提供迈杰转化医学NGS平台创新服务

2015年一项针对4853例各类实体瘤NGS研究表明,FGFR的功能异常发生于7.1%的**样本中,其中基因扩增、基因突变以及染色体重排分别占比为66%、26%及8%,FGFR1、FGFR2、FGFR3及FGFR4在发病患者中占比为3.5%、1.5%、2.0%及0.5%。发生率较高的**有尿路上皮*、胆管*、乳腺*、子宫内膜*、鳞状上皮*等,同时,在肺*、肝*等**中也发现了FGFR的异常***(图3)。图3各类实体瘤中FGFR突变频率[1]04FGFR抑制剂研究现状FGFR抑制剂有望成为泛*种靶向***的新选择,所以FGFR靶点在**领域受关注度极高,目前国内多家药企布局FGFR靶向疗法的研究开发(表2)。表2中国的FGFR抑制剂研发现状05FGFR抑制剂生物标志物研究FGFR抑制剂获批和在研药物,以及相应的临床试验生物标志物研究总结如表3。表3FGFR抑制剂及临床试验生物标志物[7-9]检测FGFR基因变异包括融合、重排、扩增和点突变以及其配体的过表达等,涉及DNA、RNA和蛋白质表达等多个生物学层面,检测方法主要有NGS,qPCR,FISH,IHC以及RNAscope等(表4)。吉林提供迈杰转化医学NGS平台创新服务

迈杰转化医学研究(苏州)有限公司于2013年成立,其前身为凯杰(苏州)转化医学研究有限公司。基于基因组学、蛋白组学、细胞组学及病理组学等综合性转化医学平台,丰富的伴随诊断开发经验,高质量的管理体系以及高素质的研发管理团队,迈杰转化医学为全球合作伙伴提供***生物标记物发现、靶点验证、新药临床试验病人的分型研究和入组筛选、伴随诊断开发与商业化、患者用药指导检测等一体化解决方案,并已迅速发展成为中国伴随诊断领头创新企业,致力于解决创新药物的研发痛点及患者的用药痛点,助力精细医疗!