测序环状DNA

传统上，环状DNA被认为only存在于原核生物以及部分病毒当中，在真核生物当中，only有半自主细胞器线粒体和叶绿体当中具有环状DNA。1964年，伊利诺伊大学的YasuoHotta和AlixBassel却在小麦的胚和公猪精ye当中发现了环状DNA，证明了这种看似结构怪异的DNA在高等植物和哺乳动物中亦存在。从1960年代至今的半个多世纪里，研究者已经在几乎所有的物种当中发现环状DNA的踪迹。因为这些环状DNA存在于染色体之外，因此也得名“染色体外环状DNA”（extrachromosomalcircularDNA，简称eccDNA）。不过，eccDNA虽然早已被证明普遍存在，但是囿于分离纯化以及测序技术的限制，学界对于eccDNA的认知，却是只知其存在，不知其来历。环状RNA CDR1as破坏p53/MDM2复合体，抑制胶质瘤的形成。测序环状DNA

案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA 的特征是：呈甲基化状态以及被清chu 近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA 甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外清chu效率。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速清chu。总之，该团队基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了环状DNA甲基化测序技术，并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。北京环状DNA文章测序后首先可以得到一个详尽的环状DNA注释表格。

无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumour中，主要的ai基因转录本是直接来自于eccDNA的，而eccDNA的染色质是高度开放的，eccDNA的ai基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得eccDNA是驱动tumour异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，eccDNA可以影响细胞生命活动，促进tumour细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，eccDNA不onlyonly可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是，eccDNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来性影响。

案例2：ai基因与邻近增强子的环化共扩增本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了ai基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件，研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征，EGFR基因案例表明tumour细胞中的ai基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强，是一个十分有效的促ai机制。总之，这项研究综合利用各项计算分析和实验手段，first次揭示了增强子在ai基因环化扩增介导的促ai效应中所发挥的重要作用，这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。对整体或单独样本中的环状DNA在各染色体上的数量、密度进行统计和展示。

 eccDNA成环验证 类比于经典的circRNA，eccDNA的形成具有相似性，也是经过核酸序列的反式链接得到的产物。当然有关于成环机制的问题依然还需要大量的研究讨论。不过对于环状的结构验证可以模仿circRNA，针对junction site，就是链接位点设计发散引物（divergent primer）同时设计收敛引物（convergent primer）进行PCR扩增，然后通过Sanger测序的方式验证eccDNA的接头序列。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。目前，环状DNA可以作为一种新型特异的tumour标志物。吉林环状DNA文章

测序结果显示99%的eccDNA长度小于25Kb。测序环状DNA

A&ABio的环状DNA纯化柱技术简介研究组织、细胞的环状DNA测序常用Circle-seq技术，Circle-seq测序中就包含柱纯化去除线性DNA，具体步骤是柱纯化去除基因组DNA、外切酶对柱纯化后产物进行酶消化、滚环扩增放大环状DNA信号以及best后建库测序。因此，相对于大量存在的基因组DNA，环状DNA在细胞中的含量非常少，所以从样品中提取总DNA后，第一步需要通过柱纯化去除基因组DNA，以免测序中基因组DNA占据大部分数据量。柱纯化这一步骤十分关键，既要best大限度地去除基因组DNA,又需best大限度保留环状DNA分子，尤其是避免丢失掉超长和超短的环状DNA。云序生物采用A&ABiotechnology的纯化柱，是绝大部分环状DNA高分文章中所使用的纯化柱。测序环状DNA

上海云序生物科技有限公司成立于2015-03-02，同时启动了以高通量测序，测序合成，科研，技术服务为主的RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体产业布局。是具有一定实力的商务服务企业之一，主要提供RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体等领域内的产品或服务。我们强化内部资源整合与业务协同，致力于RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体等实现一体化，建立了成熟的RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体运营及风险管理体系，累积了丰富的商务服务行业管理经验，拥有一大批专业人才。上海云序生物科技有限公司业务范围涉及上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立，坐落于上海漕河泾新兴技术开发区，专注于表观修饰以及转录组领域，依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术，集科研服务、医学检测、产品研发于一体的高新技术企业。等多个环节，在国内商务服务行业拥有综合优势。在RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体等领域完成了众多可靠项目。