溶酶体的作用还包括对细胞内物质的消化，溶酶体能消化分解经胞吞作用摄入细胞内的各种物质和细胞内衰亡或损伤的各种细胞器等。吞噬性溶酶体内的各种大分子在水解酶的作用下，可以被分解为简单物质。例如，能将蛋白质分解为二肽或游离氨基酸；把核酸分解为核苷和磷酸；使碳水化合物分解为寡糖类或单糖；将中性脂肪分解为甘油和脂肪酸等。这些被分解而生成的可溶性小分子物质，能透过溶酶体体膜进入细胞质基质，重新参与细胞的物质代谢，一些未被完全消化的物质残留下来，形成残余小体。自噬在心肌缺血再灌注过程不同阶段发挥着不同的作用。湖北自噬电镜检测
自噬可以抑制慢性肝炎或肝硬化向肝病转变，而自噬缺乏则可能会导致肝病发生。小鼠饥饿实验中，24h内小鼠肝脏35%的蛋白质经自噬途径降解。Takamura等研究中，ATG5或ATG7基因缺失的6~9月龄小鼠模型发生肝肿大或肝瘤，并且肝病细胞中有大量泛素化蛋白堆积，而正常肝细胞则没有；肝病的发生可能起源于自噬缺失的肝细胞，具体机制可能与线粒体肿胀、p62堆积、氧化应激、DNA损伤反应等有关。此外，在ATG7缺乏的小鼠模型中特异性下调p62表达后，表明p62堆积对肝病发生可能起促进作用。Bao等研究发现，在石蜡包埋的肝病组织切片中发现肝病细胞中有p62蛋白堆积，但周围未发生病变的正常肝细胞中则未发现p62的异常堆积。湖北自噬电镜检测线粒体自噬在维持心肌细胞和大血管细胞的存活和正常功能方面起着不可替代的作用。
p62偶联于LC3，作为一种调节因子参与自噬体的构成，在自噬的中、晚期被降解。细胞内整体p62水平的表达与自噬活性存在负相关。蛋白质免疫印迹技术检测p62水平的降低可以反映自噬活性程度。p62的增加暗示着自噬、溶酶体降解途径被抑制。
哺乳动物Beclin1是酵母Atg6基因的同源物。Beclin1通过jihuo自噬对细胞生长和抑瘤机制进行控制。蛋白质印迹技术检测Beclin1蛋白表达情况直接反映自噬活性。
自噬相关的标志性蛋白还包括ATG1、ATG9、DRAM1、ATG14、ATG16以及 ATG18等。
通常情况下，除了研究自噬现象本身，大家更多的是将自噬与各种生命活动或者疾病结合起来，把自噬作为这些方向的一个机制来研究。通常的研究模式：1）证明自噬参与了相关研究表型（电镜、LC3II/I-WB、LC3亚细胞定位、LC3荧光示踪监测自噬流等）2）证明自噬在表型中起到关键作用（通过自噬抑制剂、激动剂进行关联研究）3）找到表型与自噬桥梁分子（检测pI3K通路、Beclin-1、ATG家族各成员）4）在基因层面通过gainof/lostoffunction研究桥梁分子在自噬中的作用。在自噬的情况下，荧光显微镜下RFP-GFP-LC3B则聚集在自噬体膜上，以黄色斑点的形式表现出来。
当自噬体与溶酶体融合后，形成自噬溶酶体。自噬性溶酶体是一种自体吞噬泡,作用底物是内源性的,即细胞内的蜕变、破损的某些细胞器或局部细胞质。这种溶酶体普遍存在于正常的细胞内，在细胞内起“清道夫”作用，作为细胞内细胞器和其它结构自然减员和更新的正常途径。在组织细胞受到各种理化因素伤害时，自噬性溶酶体大量增加的，因此对细胞的损伤起一种保护作用。自噬性溶酶体的作用底物是内源性的，即来自细胞内的衰老和崩解的细胞器或局部细胞质等。它们由单层膜包围，内部常含有尚未分解的内质网、线粒体和高尔基复合体或脂类、糖原等。正常细胞中的自噬性溶酶体在消化、分解、自然更替一些细胞内的结构上起着重要作用。当细胞受到药物作用、射线照射和机械损伤时，其数量明显地增多。在病变的细胞中也常可见到自噬性溶酶体。自噬性溶酶体是一种自体吞噬泡,作用底物是内源性的,即细胞内的蜕变、破损的某些细胞器或局部细胞质。线粒体自噬可通过减少线粒体外膜通透化和减少细胞色素来促进凋亡蛋白的释放阻止凋亡发生。湖北自噬电镜检测
在基础条件下，各类细胞中均存在低水平自噬。但营养不足或缺氧等刺激可能导致自噬水平上调。湖北自噬电镜检测
自噬过程中的不同阶段(1)未受诱导细胞(2)自噬诱导及吞噬泡形成(3)自噬完成及(4)与溶酶体融合。1、诱导与吞噬泡形成：为应对多种刺激，通过形成一种独特的平整细胞膜（吞噬泡）诱导自噬。上述过程需要两种蛋白质复合物参与其中，负责调控自噬体形成。2、自噬体延伸与形成：吞噬泡的延伸会导致形成自噬体，一般为双层膜细胞器。此步骤为简单隔离步骤，其中不发生降解。自噬体内外表面均存在LC3B-II。在自噬过程中，LC3的合成与加工均有所增加，且可将其作为标记物监控细胞内自噬水平。3、融合、降解与回收：完全形成的自噬体与溶酶体在细胞内相融合。自噬体-溶酶体的融合机制与同质性液泡膜融合机制相同。4、对囊泡内物质的降解依赖一系列溶酶体/液泡内酸性水解酶完成。由降解产生的小分子，特别是氨基酸，会被重新转运至细胞质内用于蛋白质合成与细胞功能维护。湖北自噬电镜检测