DNA病毒高通量测序分析

需要对病毒的全基因组进行测序的应用场景：在探普生物长时间运行过程中，我们接触到的对病毒的全基因组进行测序项目有比较丰富的应用场景。先，从事基因进化/疫苗/药品/抗体研制方向的研究的研究者一定会用到测序。这种场景一般是用密集的sanger测序监测某几个关键基因，搭载一定频率的全基因组测序。这样的组合省时省力省经费，同时能达到研究目的。此外，有的单位需要对传染病的病原进行流行病学监测和研究，如疾控/疫控中心、医院的传染病科室以及一些高校和研究所的相应课题组，可能需要对病毒的全基因组进行测序以后，结合其他上下游的研究数据，达到研究或者监测疫病的目的。

病毒全基因组测序基于PCR技术和抗原抗体技术的售后验证平台，致力于解决临床的每一个疑问。DNA病毒高通量测序分析

病毒是由一种核酸分子（DNA或RNA）与蛋白质（Protein）构成或只由蛋白质构成（如朊病毒）。根据遗传物质的组成，可分为单链DNA病毒（ssDNA）、双链DNA病毒（dsDNA）、单链RNA病毒（ssRNA）、双链RNA病毒（dsRNA）和蛋白质病毒（如朊病毒）。根据宿主类型的不同，可以分为噬菌体（细菌病毒）、植物病毒（烟花叶病毒）和动物病毒（如禽流感病毒、天花病毒和HIV等）。病毒全基因组测序（VirusWholeGenomeSequencing，VWGS），是指基于第二代高通量测序技术，对病毒全基因组进行测序，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因组序列，解析编码信息，并获得相应的变异信息。病毒序列公司新一代测序中基因从头测序和重测序有什么区别？

二代测序应用的患者类型的推荐：共识明确指出了二代测序应用的患者类型及使用的时机的意见:对于神经系统急性传染/血流传染/呼吸道传染患者，3天是二代测序使用的时机，在传统方法(常规的生化检查和培养)3天未报阳性且经验性调整无效时，强烈推荐二代测序检测；对疑似病毒传染患者，包括：疑似神经系统病毒传染和病毒性肺炎且病情持续进展的患者，若完善传统PCR检测后依然未获得明确的病原学证据时，强烈推荐二代测序检测。对于疑似局灶性传染患者完成常规的生物化学、培养或PCR检测后，若未能获取病原学诊断结果，推荐将二代测序作为检测方法。而对于怀疑继发性血流传染患者：在原发传染灶的病原学检测为阴性或因各种因素无法送检合适标本的情况下，可考虑将血标本的二代测序检测作为二线检测。

二代测序可以用于对病毒的全基因组进行测序有哪些挑战？二代测序相较sanger测序，差异主要就是单次运行可以获得海量的数据量，因此也称为高通量测序。想要通过高通量测序获得病毒全序列，需要经历：核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这三大基本流程。而高通量测序技术本身并不是以病毒为目标开发的，因此每个环节都是挑战。核酸纯化步骤决定了Input核酸的起始浓度和总量，从而决定了文库构建的成败、质量和产量；文库的好坏决定了数据的质量和产出；而数据的质量产出直接影响分析结果。样品一般核酸浓度很低，且带有大量宿主污染，因此实验部分和分析部分都比较困难。探普生物基于这些困难点，进行了大量有针对性的研发和测试，开发了全套的实验和分析流程用于对病毒的全基因组进行测序，该流程自运行以来广受研究者们好评。

全基因组测序注意事项：要找正规的机构。

能实现对病毒的全基因组进行测序的技术手段：早期在高通量测序技术普及之前，对病毒的全基因组进行测序是通过非特异性扩增+克隆结合sanger测序来完成的。当物种有了参考的序列之后，可以通过特异性扩增+sanger测序获得全基因组序列。Sanger测序准确度高，读长很长，但与此同时，扩增和克隆工作费时费力，由于流程繁琐，加上快速变异导致引物无法通用，该方法对于大量基因组的测序工作而言，可操作性不强，这对于研究者一直是一个困扰。高通量测序技术正式启用之后，研究者可以将样品处理至标准浓度和体积后进行测序和分析，减少了工作量，增加了成功率。探普生物进行了大量有针对性的研发和测试，开发了全套的实验和分析流程用于对病毒的全基因组进行测序，该流程自运行以来广受研究者们好评。

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目前对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异.方法提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用IonTorrent二代测序仪进行病毒全基因组测定.对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析.结果通过测定获得了病毒全基因组11979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离株Kakamas相似度较高(＞98％)。病毒Gn蛋白C端信号肽区存在1个氨基酸突变.结论本研究分析测定的裂谷热病毒全基因组与目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出现明显变异。

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