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医用羰基二咪唑以其高度的反应活性和选择性在药物合成中占据重要地位。它可与多种官能团如羧基（COOH）、氨基（NH₂）、羟基（OH）等进行反应，合成出许多一般方法难以得到的酮、酯、脲等化合物。这些化合物在医药领域具有普遍的应用前景，如作为合成药物中间体、咪唑类药物中间体，以及多肽化合物的键合剂等。此外，医用羰基二咪唑还可用作多肽试剂，在生化合成中用于基团保护和蛋白质肽链的连接。作为合成三磷核苷、肽、和酯类的缩合剂，它在药物研发和生产过程中起到了关键的作用。然而，医用羰基二咪唑也具有一定的危险性。它可能导致中毒、皮肤严重烧伤和眼部受损。因此，在使用时必须严格遵守安全规定，佩戴保护手套和面罩，避免吸入灰尘、烟雾和蒸汽。

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