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烈冰生物空间转录组测序

来源: 发布时间:2022年09月18日

空间转录组学(Spatial Transcriptomics)是指在组织切片上完成,保留样本空间信息的组学研究。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况,揭示精细病理区域中激发的信号通路,完成分子特征驱动病理特征的机制解析。空间转录组学完成了病理数字化结合病理影像化的技术革新,对于诊断标志物、耐药位点以及靶向药物的研发,免疫治等新兴领域都具有重要作用。当组织冷冻切片附在带有spatialbarcode的空间转录组芯片上时,通过透化处理,细胞内的mRNA释放出来,从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获。被捕获的mRNA开始逆转录,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通过上机测序,可以将每个mRNA转录的序列映射回组织切片中的映射回组织切片中的原始位置。空间转录组测序技术的迅速发展和应用推广,为从多维度揭示疾病进展提供了强有力的工具。烈冰生物空间转录组测序

基因测序是基因检测的方法之一,其又叫基因谱测序,是国际上公认的一种基因检测标准。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变,一次对几十万到几百万条核酸序列进行测定,被称为下一代测序技术(nextgenerationsequencing),足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。基因测序相关产品和技术已由实验室研究逐渐演变到临床应用,可以说,基因测序技术将是下一个改变世界的技术。合肥烈冰生物空间转录组数据分析国产化PanoCell空间转录组测序平台,提供高性价比服务方案。

转录组分析指对细胞内所有转录产物的分析。转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶(oligo-dT)进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更精确的数字化信号,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。FFPE空间转录组技术原理 为同时获得空间表达和组织学背景信息,该方案首先将FFPE组织切片置于Visium基因芯片上进行组织学染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探针进行表达定量。

烈冰生物已空间转录组测序服务提供从一个组织切片样本中获取包括空间信息在内的全部转录组数据,从而可以区分和定位功能基因在特定组织区域内的活跃表达。其可以检测组织样本中的所有基因活动,并绘制活动发生的位置,这将有助于科学家更好地构建生物图谱,并进一步理解疾病和生物学过程。目前,空间转录组主要应用于多种疾病、免疫、发育、神经和病理学等研究领域。烈冰生物具有专业的实验团队、丰富的切片经验,配置了国际主流的仪器设备,实验团队针对不同组织类型优化完善实验方案,并制定了严谨规范的实验室SOP流程,保证空间转录组切片的质量,全优保障测序数据质量。烈冰引进国际主流空间转录组测序平台,提供保留组织内部精细区域的空间信息的转录组测序。

烈冰生物生信分析团队紧追国际前沿、整合添加多项国际期刊认可的空转分析工具,构建一套完整的数据分析流程;精心研发空转结果浏览器,可同步展示空间转录组与单细胞测序分析结果,详细深入地解析空间转录组数据。完成从Rawdata(原始数据)到Spot-Gene的具有定位信息的表达矩阵的过程后,就进入了空转的第二步,去进行Spot的Cluster的过程,熟悉单细胞测序的研究者知道,Cluster在单细胞测序中往往表示为细胞的类型,也就是说能聚在一起采用算法分为一个群体细胞是一个Celltype(当然分情况也会有不同)。而在空转中,也正是由于前面提到了细胞的非单一性,导致了这里的分群并不是单纯的同一细胞类型,而应该认为是具有相同细胞组成的点阵区域,或者说是近似的组织结构区域。空间转录组测序技术遍地开花,烈冰服务让您的生物医学研究如虎添翼。北京BD空间转录组测序服务

烈冰测序数据分析平台,不依赖已有物种信息,可研究非模式物种,针对不同平台的数据,制定多套流程;烈冰生物空间转录组测序

生命科学研究的目的之一就是为了解决细胞和组织以及该组织如何影响功能这一难题。测序技术可提供特定条件下某些 组织中基因的表达信息,不仅可以推断出相应未知基因的功能,揭示特定调节基因的作用机制,而且可以辨别细胞的类型和异质性,为疾病诊断提供理论依据。但由于研究的深入或具体研究方向和内容的不同,传统的转录组测序技术显然不能够满足科研工作者们强烈的好奇心,更加直观地反映组织中基因的表达情况,随即单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing,scRNA-seq)、空间转录组(Spatial transcriptomics,ST)测序等一系列技术应运而生。烈冰生物空间转录组测序

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